临床医学系设有临床医学和康复治疗技术两个专业，两个专业均为省级特色专业。临床医学专业分出有医学影像专业。

临床医学专业从2008年起在全省三年制临床医学专业中率先开展“1+1+1”人才培养模式的改革（第一年在学校上医学基础课程；第二年在附属医院上医学专业课程；第三年在实习医院实习）。康复治疗技术专业是依托省运动医学会等行业支持开办的新兴专业，该专业2011年被安徽省教育厅立项为“卓越康复技师培养创新实验区”。

临床医学系共有专任教师34人，附属医院教师200余人。其中教授3人，高级职称的教师占教师总数的41%，其中硕士以上学历占44%。有省级专业带头人1人，校级专业带头人1人。临床医学专业师资队伍是省级“教学团队”。